(一)內設機構
1.辦公室(監事會秘書處)
綜合協調會機關及直屬單位工作,承擔機關文電、會務、機要、檔案、保密、信息、信息化、新聞宣傳、效能、信訪、行政后勤、安全保衛等工作;負責起草相關法律法規實施規劃以及政策性文件;負責綜合性重大宣傳活動的組織;負責普法并處理涉及法律事務;承擔省紅十字會監事會日常事務性工作。
2.賑濟救護部
組織開展救災準備工作及實施,統籌救災備災設施的建設與管理;組織開展相關應急救護和人道救助救援;組織開展應急救護培訓,普及應急救護、防災避險和衛生健康知識;依法參與、推動無償獻血宣傳動員等工作;指導紅十字(會)醫院、血站、救護站等建設;指導福建省紅十字會備災救災中心和造血干細胞捐獻者資料庫管理中心(福建省人體器官捐獻管理中心)工作。
3.事業發展與交往聯絡部
負責紅十字事業發展相關理論和政策研究,擬訂發展與實施規劃;指導地方各級紅十字會組織建設,組織紅十字會系統干部培訓;負責會員和志愿者的發展、培訓、管理,以及會員會費收繳管理;組織開展紅十字志愿者活動和紅十字青少年工作;組織紅十字運動基本知識和國際人道法傳播;依法興辦與紅十字會宗旨相符的公益事業。開展與有關國家的地方紅十字會的交流合作;負責與臺港澳和省際之間紅十字會的聯絡交流等工作;承擔政府委托的臺灣海峽兩岸雙向遣返工作;協助政府處理涉臺海(空)難、突發事件(事故);負責紅十字查人轉信、尋人服務工作。
4.籌資與財務部
具體負責省紅十字會籌資與接受捐贈工作;負責組織實施上級人道救助和援建、援助項目以及本級募捐限定性人道救助項目;負責會機關財務與資產管理;負責指導、監督直屬事業單位財務與資產管理以及核撥紅十字會系統資金物資使用管理。
(二)機關黨總支
負責會機關及直屬事業單位的黨建、
紀檢監察、文明創建、群團工作;負責會機關和直屬事業單位的機構編制、人事管理和退休人員服務管理工作。
(三)直屬事業單位
1. 福建省紅十字會備災救災中心
主要職責:負責制定紅十字會備災救災物資儲備計劃和相關信息報送;負責捐贈物資的接收、整理、消毒、保管、分發等工作;負責備災救災物資的采購、儲備、分發等工作;負責領導管理省紅十字現場救護培訓中心;負責中心的資產、財務和政府采購管理工作;負責中心的文電處理、機要保密、檔案管理、綜合性來信來訪、印信管理和行政值班、安全保衛、公務用車及駕駛員管理等行政后勤工作。
2. 福建省造血干細胞捐獻者資料庫管理中心(省人體器官捐獻管理中心)
主要職責:負責組織造血干細胞捐獻的宣傳動員、咨詢、登記、查詢、反饋等工作;負責實施造血干細胞捐獻者HLA(人類白細胞抗原)分型資料庫數據的錄入、檢索、分析配型等;負責造血干細胞捐獻者實施捐獻過程的相關服務保障工作;負責組織參與、推動遺體和人體器官捐獻相關工作,做好宣傳動員、咨詢、登記等;負責實施遺體和人體器官捐獻的溝通協調和見證等工作;負責參與、推動無償獻血的宣傳動員和表彰等工作;負責艾滋病預防和控制宣傳等相關工作。